In der Galaxis toben die Klonkriege. Im Äußeren Rande der Galaxis entwickelt sich der Krieg zu Gunsten der Separatisten. Diese entführen den Sohn des mächtigen Gangsterbosses Jabba der Hutt. Hiermit wollen sie erreichen, dass dieser die Galaktische Republik um Hilfe bittet, denn wenn diesen die Rettung seines Kindes fehlschlägt, so könnte sich Jabba den Separatisten zuwenden. Der Jedi-Meister Yoda entscheidet sich Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker auf diese Mission zu schicken.
Kenobi und Skywalker sind mit ihrer Armee von Klonkriegern momentan auf dem Planeten Christophsis stationiert, wo sie gegen den separatistischen General Whorm Lohatsom und seine Kampfdroiden kämpfen.Die Lage ist ernst, die Klonkrieger weit in der Unterzahl. Nach einigen Kämpfen stößt Hilfe zu den Klonen, als der junge, weibliche Padawan Ahsoka Tano mit zur Verstärkung eintrifft. Es stellt sich heraus, dass das junge Mädchen nicht wie erwartet Obi-Wan, sondern Anakin zugeteilt worden ist. Anakin, der eigentlich keinen Schüler will, reagiert zuerst eher negativ auf Ahsoka. Er schleicht jedoch mit ihr hinter die feindlichen Linien, um den Schildgenerator, das Rückgrat der Separatisten des Planeten, auszuschalten, was schließlich auch gelingt. Die Separatisten werden geschlagen.
Die drei Jedi werden nun von Meister Yoda mit dem Auftrag der Rettung des Sohnes Jabbas, Rotta, betraut. Anakin und sein neuer Schüler, deren Verhältnis sich mittlerweise gebessert hat, sollen ihn aus einem wohl verlassenem Kloster retten. Er wird dort von Separatisten festgehalten, was die Republik jedoch nicht weiß. Obi-Wan soll nach Tatooine zu Jabba gehen, um dort die Verhandlungen aufzunehmen.
Anakin und Ahsoka greifen nun auf Teth mit einer Armee Klonkrieger das stark befestigte, auf einem sehr steilen Berg liegende Kloster an. Sie werden zur Landung auf dem Waldboden gezwungen und müssen so mit Seilen und Kampfläufern den Berg erklimmen. Dabei werden sie bereits von Kampfdroiden beschossen. Nachdem sie oben angekommen sind und die Besatzung ausgelöscht haben, betreten sie das dunkle Innere des Klosters. Hier werden sie von einem Droiden begrüßt, der sich als Verwalter des Hauses vorstellt. Er erzählt ihnen von den Gefängnissen des Klosters. Ahsoka und Anakin trennen sich von den Klonkriegern und steigen in die besagten Kerker. Hier finden sie den kleinen, kranken Huttling und nehmen ihn mit. Auf Teth treffen aber weitere Droidentruppen unter dem Kommando der dunklen Jedi Asajj Ventress ein, welche die Klone davon abhalten wollen den Huttling aus der Festung zu retten. Nach einigen Kämpfen mit Droiden und Ventress können Ahsoka und Anakin mit Rotta vom Berg flüchten. Währenddessen kommt der Anführer der Separatisten, Count Dooku, ebenfalls bei Jabba an und zeigt ihm Aufnahmen von Anakin und Ahsoka, die es so aussehen lassen, als ob sie Rotta entführt hätten. Ventress, die bereits vor dem Eintreffen der neuen Droiden im Kloster anwesend gewesen war, hatte Dooku diese zuvor zugesendet. Er bietet dem Hutten an, sich den Separatisten anzuschließen, damit sie seinen Sohn zurückbringen.
Auf Teth sind Anakin und Ahsoka gerade an einem Frachtschiff angekommen, mit dem sie nach Tatooine fliegen wollen. Aus diesem entsteigt plötzlich der angebliche Verwalter-Droide, der sich als Separatist entpuppt. Anakin und sein neuer Schüler können den Droiden und die Kampfdroiden des Schiffes eliminieren. Sie übernehmen schließlich die Kontrolle über das alte Schiff. Über Teth tobt aber eine Raumschlacht zwischen Jägern der Republik und den ferngesteuerten Raumschiffen der Separatisten. Die beiden wollen in einem republikanischen Kreuzer landen, als einer der Droidenjäger mitten im Hangar abstürzt und der Hangar unbrauchbar gemacht wird. Daraufhin müssen Anakin und Ahsoka mit dem Frachter allein nach Tatooine fliegen, um dort Rotta an seinen Vater zu übergeben. Gerade gestartet wird das Schiff jedoch abgeschossen und muss mitten in der Wüste, nahe dem Palast von Jabba the Hutt, landen. Die beiden beschließen, zu Fuß zum Palast zu gehen.
Im Kloster von Teth trifft zur selben Zeit Obi-Wan Kenobi auf Asajj Ventress, woraufhin die beiden sich mit dem Laserschwert duellieren. Nach einem recht ausgeglichenem Kampf muss Ventress jedoch die Flucht ergreifen.
