Mal ne Antwort auf die schnelle.
Mux mal mit TSRemux vor dem Umwandeln der Dateien.
Datei in TSRemux laden > Video & Audio Stream auswählen und als neue Datei speichern. TSRemux behebt auch kleinere Fehler bei dem ein Converter wie AVIDemux aus dem Tritt kommt.
Kostenloser TsRemux Download (englisch) 0.21.2 - netzwelt.de
>> Jetzt habe ich wieder Zeit gefunden.
Mit VD kennst Du dich ja aus und CCE liegt im Postfach.
Dennoch eine Erläuterung hierzu:
Im VD Verzeichnis auxsetup.exe starten und install Handler klicken.
Im VD Verzeichnis\aviproxy > Reg Datei proxyon.reg mit doppelt Klick ausführen und bestätigen.
Danach kann VD als Frameserver benutzt werden, und CCE kann dann auch die vdr Dateien von VD öffnen. Video in VD laden alle Filter setzten und unter File > Start Frameserver eine vdr Datei speichern.
Dann CCE starten und die vdr Datei öffnen. Jetzt sollte die vdr in CCE als normale AVI Datei zum umwandeln bereit stehen.
Fraglich ist jetzt nur ob nicht die gleichen Fehler wie bei AVIDemux auftreten, da VD ja auch wieder über ffmpeg (ffdshow) gefüttert wird.
Beste Erfahrungen habe ich mit dem schon erwähntem DGAVCDec und AVISynth gemacht, das AviSynth Script kann dann Problemlos in VD zur weiteren Bearbeitung geladen und dann wieder wie zuvor beschrieben weitergeleitet werden.
Ob AVIDemux avs oder gar vdr öffnet habe ich noch nicht getestet. Aber die vdr von VD kann auch als avi gespeichert werden, und kann dann von fast allen Programmen die was mit AVI anfangen können geöffnet werden.
Oder eben die avs Datei (AviSynth) direkt in TMPEGEnc laden, TMPGEnc produziert ebenfalls ganz hervorragende Qualität und bietet ganz gute Filter & Resize Funktionen.
Oder installiere Dir Adobe Premiere und das HD Plugin. Sind nur knapp 1 GB.

Oder verwende den ProCoder.
Gruß gipo